Первые шаги по возрождению поруганной святыни относятся к середине 1990-х гг. 10 октября 1994 года силами православной общины Вознесенского собора г. Твери во главе с игуменом Юстинианом (Овчинниковым) были проведены работы по благоустройству лесной Пустыньки прп. Савватия. После чего Епископ Тверской и Кашинский Виктор на пещерке прп. Савватия Тверского отслужил водосвятный молебен и освятил вновь водруженный на святом месте поклонный Крест. Однако продолжалось начатое движение недолго. 1 сентября 1995 года игумен Юстиниан был посвящен в сан епископа и уехал из Твери в Дубоссары в Приднестровье.
После него эстафету возрождения приняли матушки Тверского Свято-Екатерининского женского монастыря, игуменьи Иулиания (Киси Ритониеми) и Евпраксия (Инбер). К сожалению, имеющихся исторических данных по истории Савватьева монастыря тогда было мало. Главными источниками сведений о прп. Савватии Тверском были две книги А.А. Митропольского конца XIX века. Считая прп. Савватия постриженником Оршина Вознесенского монастыря, матушки даже поставили в этой обители (в 1992 году переданной церкви) небольшой деревянный храм, посвященный прп. Савватию Тверсокму, Оршинскому чудотворцу.
В самом Савватьеве активное движение прекратилось до 1998 года. Только иногда своим ходом приезжали сюда верующие из Твери на источник и пещерку Преподобного. С 1998 года по благословению Архиепископа Тверского и Кашинского Виктора труды по возрождению обители прп. Савватия Тверского взял на себя православный приход Воскресенской (Трех Исповедников) церкви г. Твери. От этой церкви начались регулярные паломнические поездки в Савватьево для молебнов на пещерке прп. Савватия с водоосвящением. 15 марта 1998 года в день памяти тверских чудотворцев свт. Арсения, прпп. Савватия, Евфросина, Саввы и Варсонофия состоялась первая поездка. Молебен совершил настоятель Воскресенской церкви протоиерей Александр Шабанов в сослужении священника той же церкви иерея Андрея Егорова. На молебне была освящена икона прп. Савватия, с которой в дальнейшем проходили все поездки и молебны. Интересно, что икону эту написала матушка о. Андрея, Людмила, которая в это время работала в иконописной мастерской. Предназначалась эта икона совсем в другое место, но по Промыслу Божию «пошла» именно в Воскресенскую церковь, став на несколько лет знаменем возрождения Савватьевой пустыни.
Многочисленные случаи исцелений на святом месте после молебнов прп. Савватию привлекли внимание верующих из Твери. В пустыньку прп. Савватия потянулся народ. Большинство принимали участие в поездках от Воскресенской церкви, которые проводились вначале раз в месяц, а потом, из-за увеличения желающих съездить в Савватьево, дважды в месяц после воскресной службы в этом храме.
Следующим этапом возрождения Савватьевой пустыни стало обретение в августе 2000 года колодца, который находился вблизи пещеры и был вырыт самим прп. Савватием еще в XIV веке. В земле был обнаружен старый колодезный сруб 1822 года. 3 сентября 2000 года восстановленный колодец был освящен.
В том же году было получено благословение Архиепископа Тверского и Кашинского Виктора на восстановление главной святыни Савватьевой пустыни – Знаменской церкви, где под спудом находились мощи прп. Савватия Тверского. Молебен перед началом восстановления храма на отведенном под строительство земельном участке был отслужен 4 апреля 2001 года. Вскоре здесь под небольшим слоем дерна нашелся и фундамент разрушенной Знаменской церкви. После этого участники восстановления иерей Андрей Егоров и Сергей Козырев отправились в паломничество к древней иконе «Знамение» в Великий Новгород. Икона эта находится сейчас в новгородском Софийском кафедральном соборе. После молебна Богородице перед Ее иконой дела пошли быстрее.
Уже летом 2001 года тверской архитектор Александр Соколов выполнил проект нового храма. За образец был взят новгородский храм св. ап. Иоанна Богослова на Витке (1383-1384 гг.). Это было сделано не случайно. Изображение церкви на иконе «Обитель прп. Савватия Тверского со сценами его жития» соответствует как раз новгородскому северо-западному архитектурному типу, к тому же храм посвящен новгородской иконе «Знамение». Зимой того же года – завершены работы по сооружению нового фундамента.
В следующем 2002 году произошло еще одно знаменательное событие. В этот год день памяти прп. Савватия Тверского 7 мая приходился на Светлый Вторник, и Архиепископ Виктор благословил священника Воскресенской церкви иерея Андрея Егорова отслужить Божественную Литургию прямо на пещере Преподобного. На пасхальную службу собралось около 120 человек из Твери и из самого Савватьева. Практически все причащались. Это была первая в истории Литургия в Пустыньке. Храм еще не был готов, поэтому лес стал храмом. Погода была ясная и безветренная, и ни каких проблем со служением на открытом месте не возникло.
Летом того же года в Пустыньке были проведены работы по благоустройству прудика прп. Савватия. Он был выложен бутовым камнем, так как это было исстари. Теперь у паломников появилась возможность не только умываться водой из прудика, но и купаться в нем. Все это время не прекращались паломнические поездки из Твери в Савватьеву пустынь. Поступали свидетельства об исцелениях и другой помощи по молитвам прп. Савватия. Группа верующих из Твери пожертвовали средства на написание иконы прп. Савватия с его учениками прпп. Евфросином и Нектарием Тверскими. Люди активно участвовали в благоустройстве святого места. Наконец, чудесным образом было найдено место, до которого Савватий провожал приходивших к нему тверских подвижников, и где находилась вторая «дальняя» часовня. В самой церкви велись активные работы, так что к концу года кладка стен была полностью завершена и кровля подведена под купола.
В 2003 году кровля храма была покрыта металлом. Начались отделочные работы.
На месте разрушенного Сретенского собора добровольцами из Твери в мае были проведены субботники по вывозу мусора, который сваливался здесь местными жителями в течении нескольких лет.
Необходимо было спасти святое место от поругания, а местных жителей от тяжкого греха. Поэтому еще в 2002 году было принято решение о установке здесь большого поклонного Креста. Накануне Дня всех святых в земле Российской просиявших 28 июня в субботу Крест был установлен.
На следующий день была «Сборная» – с XVIII века главный праздник с. Савватьева. В строящемся храме служили Литургию. После нее, молебен у вновь установленного Креста.
Во время установки этого креста произошло чудесное событие, о котором стоит рассказать отдельно. Крест был изготовлен заранее и находился в здании строящейся Знаменской церкви. Вынесли его на улицу у больших ворот к ограде стройплощадки. В этот момент приезжают к нам гости: матушка игуменья Иулиания настоятельница Свято-Екатерининского монастыря в Твери и с нею какой-то батюшка, монах. Матушка и говорит нам, что батюшку зовут Иоанн и что он архимандрит с Синая. Вот хорошо, отвечаю, у нас Савватий тоже из тех краев к нам пришел, какое совпадение! И рассказал я о. Иоанну о том, что преп. Савватий пришел к нам из Иерусалима, поставил здесь первый на Руси храм в честь Неопалимой Купины Богородицы (это синайская икона); что преп. Савватий принес с собой из Святой Земли крест с частицей Животворящего Креста Господня; что преп. Савватий может быть и сам монашествовал на Синайской горе; и показал я батюшке архимандриту Иоанну икону «Жития» преп. Савватия, которая только тогда была списана нашими тверскими иконописцами Валерием и Натальей Колтовыми с оригинальной иконы XVI века. Батюшке икона очень понравилась, можно сказать поразила. После этого, о. Иоанн уехал с матушкой Иулианией в Оршин монастырь, а мы принялись за дело, стали устанавливать поклонный крест.
Прошло часа два, крест мы установили, вот хотели уже и помолиться. Как вдруг, из Орши возвращается о. Иоанн, выходит их машины и бежит к нам радостный, что-то у него в правой руке. Оказывается, у него с собой был энколпион с частицей Древа Креста Господня! Такого мы себе и представить не могли, чтобы на установку креста к нам в Савватьево приехал монах с Синая, т.е. откуда и преп. Савватий, и с такой же святыней, как у преп. Савватия! Это было настоящее чудо. Преп. Савватий таким образом благословил наши труды по возрождению его обители. Отец Иоанн освятил поклонный крест на месте разрушенного Сретенского собора, прикладывая к нему Древо Креста Господня. Мы были переполнены радостью и благодарностью Господу за чудные Его дела.
В 2003 году был установлен еще один поклонный Крест, на месте, до которого по преданию прп. Савватий провожал своих собеседников прпп. Савву Вишерского, Савву и Варсонофия Тверских, Ксенофонта Тутанского и других тверских подвижников. Архиепископ Тверской и Кашинский Виктор благословил провести Крестный ход из Знаменской церкви до дачного поселка «Отрадное», в лесополосе близ которого чудом уцелело святое место. Крестный ход состоялся в субботу 23 августа 2003 года. Пройти предстояло около 6 км. Поклонный Крест несли на руках. Многие верующие люди из Твери, Савватьева и окрестных деревень откликнулись на это событие и пришли, чтобы принять в нем участие. Всего собралось около 200 человек. Были целые семьи с малыми детьми.
Крестный ход воспринимался православными как акт покаяния за поругание святыни в советский период. Крест был освящен и установлен на месте бывшей здесь в прошлом часовни. К сожалению, до сих пор не найден колодец, который находился где-то поблизости и который почитался верующими, как чудотворный.
14 октября 2003 года на праздник Покрова Богородицы Владыка Виктор благословил открытие прихода Знаменской церкви деревни Савватьево. С 10 декабря 2003 года в Знаменской церкви начались службы по двунадесятым и великим праздникам. 20 февраля 2004 г. Указом Архиепископа Виктора настоятелем Знаменской церкви был назначен священник Андрей Егоров. С 7 марта 2004 г. в храме начались регулярные службы по воскресным и праздничным дням.
4 апреля 2004 года, спустя ровно три года с начала проведения восстановительных работ, на купол Знаменской церкви был установлен Крест. Господь чудесным образом ознаменовал это событие. Чин освящения Креста совершил архиепископ Виктор, и, когда началось установка Креста на купол, небо вдруг преобразилось. Легкие перистые облака выстроились в ровные тонкие и совершенно прямые линии над храмом, образуя как бы небесный покров. Покров этот словно держим был невидимыми силами с юга и с севера от храма, а над самим храмом и над собравшимися людьми раскрывался небесным омофором. Это явление потрясло многих. Об этом потом писалось в местной прессе.
В течение 2004 года в храме велись отделочные работы. К престольному празднику 10 декабря они были уже в стадии завершения, а в пустыньке прп. Савватия в этот день был установлен новый поклонный Крест. Обустраивались подсобные помещения. Подводились коммуникации. Велись работы по устройству системы отопления храма, благоустройству территории. Постепенно устраивалась и приходская жизнь.
Приход Знаменской церкви быстро рос. В основном люди приезжали из Твери, но и местные жители активно включались в работу по возрождению святыни. К 2007 году стало ясно, что храм не может вместить всех прихожан. По великим праздникам на Литургию собиралось до 100 человек. Тогда было принято решение о реконструкции здания Знаменской церкви с целью улучшения и расширения полезной площади. Новый проект был выполнен ООО «Союзстройпроект» в 2007 году. По новому проекту храм должен был стать выше и приобрести два новых притвора (северный и южный), западный притвор значительно увеличен, крыша и барабан с куполом спроектированы каменными (вместо бывшей лёгкой конструкции) с опорой на четыре внутренних столпа, внутри храма предусмотрено устройство «хоров» для певчих, значительно увеличена площадь алтаря.
23 июля 2007 года начались работы по реконструкции здания. На время реконструкции богослужебная жизнь Прихода переместилась в здание библиотеки. Вначале предполагалось завершить все работы максимум за два года, но в реальности дело затянулось более чем на пять лет. Это произошло из-за непредвиденных обстоятельств, возникших в ходе строительных работ.
В августе 2009 года делавшие котлован для фундамента северной колонны храма строители наткнулись на уникальный артефакт. Это был белокаменный саркофаг XV века. В сентябре-декабре 2009 г. в Знаменской церкви производились археологические раскопки. Работы проводили специалисты Тверского научно-исследовательского историко-археологического реставрационного центра (ТНИИР) под руководством А.Н. Хохлова. Ученые выяснили, что Знаменская церковь XVII века была поставлена на месте древнего монастырского некрополя. Всего в результате раскопок были подняты останки 20-ти человек. Это - монашеские захоронения периода XV-XVI вв. Вероятность того, что среди этих останков находятся, в том числе и мощи преп. Савватия Тверского, учитывая бывшую именно в этом месте гробницу святого, была очень велика.
22 сентября 2009 года по распоряжению Архиепископа Тверского и Кашинского Виктора была образована комиссия по проведению археологических исследований гробницы предположительно преподобного Савватия Тверского. 5 октября 2009 года члены Комиссии во главе с председателем Климченко В.А. (председатель Комитета по государственной охране объектов культурного наследия Тверской области) отправились на место раскопок. В Комиссию входили ведущие российские специалисты в области археологии, искусствоведения и антропологии: Баталов А.Л. (доктор искусствоведения, профессор, зам.ген.директора Государственного Историко-культурного музея заповедника "Московский Кремль"), Беляев Л.А. (д.и.н., Зав.сектором археологии Москвы, ИА РАН), Добровольская М.В. (д.и.н., ведущий специалист отдела антропологии ИА РАН), Меднкова М.Б. (д.и.н., ведущий специалист отдела антропологии ИА РАН); представители Тверской и Кашинской епархии РПЦ МП, представители Администрации Тверской области.
В ходе обследования саркофага из него были извлечены мощи. Согласно предварительному заключению – в саркофаге находились хорошо сохранившиеся костные останки в полном составе in citu, принадлежат очень пожилому мужчине (старцу), сохранились остатки волосяного покрова на черепе. Мощи были обернуты в почти полностью истлевшую ткань. На ногах были остатки кожаной обуви. В результате дальнейших исследований тлен, бывший на теле старца был определён как велико-схимническое облачение.
Казалось всё ясно – вот они, мощи святого Савватия Тверского. Но дальнейшие находки археологов показали, что это не так.
Есть основания полагать, что в саркофаге был захоронен не преп. Савватий, а его ученик преп. Евфросин. Известен он, прежде всего тем, что около 1452 года исцелил своей молитвой умирающую дочь великого князя тверского Бориса Александровича (1425-1461) Марию Борисовну, обрученную уже тогда сыну великого князя московского Василия Васильевича (Темного) (1415-1462) Ивану III Васильевичу. Как раз накануне свадьбы в 1452 г. с тверской княжной и случилась тяжкая болезнь. За исцелением своей дочери князь Борис послал многочисленную делегацию в Савватьеву пустынь к старцу Евфросину. После молитвы святого княжна выздоровела, и тверской князь заключил с Москвой очень важный в политическом смысле династический брак. Только участие великих князей и то обстоятельство, что Евфросин был и сам княжеского рода (по свидетельству преп. Иосифа Волоцкого - «князь тепринский») и может объяснить столь богатое захоронение в небольшой отшельнической лавре под Тверью в XV веке. Антропологические исследования останков выявили богатырское телосложение этого человека и следы боевых ранений. Выяснилось и то, что саркофаг нарушил более ранние захоронения и лежал прямо на двух других более ранних погребениях. Одно из них и принадлежит, по всей видимости, пришельцу из святого града Иерусалима преп. Савватию Тверскому. Погребения не обычные для Руси, прежде всего потому, что тела просто были завернуты в саван – таким образом хоронили на православном Востоке, в Греции и на Афоне.
Однако идентифицировать мощи Савватия данными антропологической экспертизы на 100% на сегодняшний день не представляется возможным. Документов не осталось. Осталось только церковное предание XVIII-XIX вв. и косвенные исторические данные. Поэтому владыка Виктор благословил устройство подземной усыпальницы (крипты) под алтарём Знаменской церкви (собственно в объёме бывшего раскопа) и хранение здесь мощей святых подвижников Савватьевой пустыни (предположительно препп. Савватия, Евфросина и Нектария) под спудом. Остальные останки, изъятые отсюда, хранятся здесь же в костнице.
10 марта 2013 года в реконструированное здание церкви были перенесены мощи святых и в ней возобновились богослужения.
Летом того же года началась роспись храма снаружи, а в 2015 году начата роспись внутреннего объёма храма, которая продолжается до сих пор.
На протяжении последних шести лет идёт благоустройство и благоукрашение храмового пространства. В ближайших планах возведение каменного иконостаса.
18 октября 2016 года митрополит Виктор после Литургии в Знаменской церкви освятил новый поклонный Крест на пещере преп. Савватия в его лесной Пустыньке.
В 2017 году Приходом был оформлен в аренду два новых земельных участка: первый, где располагался Сретенский собор с Никольским приделом и колокольней и второй, где расположена Пустынька преп. Савватия. Вокруг храма с прилегающей территорией устроена новая металлическая ограда.
6 марта 2018 года началось возведение часовни Неопалимой Купины на Савватьевском муниципальном кладбище. Посвящение часовни иконе "Неопалимой Купины" Богородицы обусловлено тем, что первый храм в Савватьево в 1390-х годах поставил сам преподобный Савватий Тверской и Оршинский чудотворец (+1434г.) именно в честь этой этой иконы. Икона эта появляется у нас в 1390 году. Её принесли в Москву со святой горы Синая некие палестинские иноки. Достоверно известно, что именно в это время из Иерусалима в Тверь пришел и наш преп. Савватий Тверской. Такое посвящение первого храма Савватьевой пустыни конечно не случайно. Преп. Савватий, очевидно, был одним из этих «палестинских иноков». Замечательно и то, что это был первый и на протяжении 290 лет (до 1680 г.) единственный на Руси храм с таким посвящением. Само имя святого – САВВАТИЙ – переводится как «субботний» (др.-греч. Σαββάτιος от σάββατον «суббота», из ивр. שַׁבָּת). А суббота – день посвященный нашим церковным Уставом совершению памяти почивших в Бозе отец и братий и сродников наших. Богослужения проводятся в часовне каждую субботу. Читается Канон Неопалимой Купине, который каждую субботу читают в Часовне Купины в синайском монастыре св. Екатерины. Также здесь совершаются необходимые заупокойные богослужения и в другие дни, а в день празднования иконы «Неопалимая Купина» 17 сентября и в Родительские субботы есть возможность служить Божественную Литургию, для чего в часовни предусмотрена алтарная часть. Работы по благоустройству часовни продолжаются и в настоящее время. Необходимо устроить иконостас, привести в порядок прилегающую территорию и решить вопрос с электричеством.
С 15 мая по 15 июня 2018 года у нас были проведены археологические раскопки Сретенского собора, давшие много новых научных данных по истории Савватьевой пустыни в XV-XVII веках. По итогам раскопок готовится к изданию книга, автором которой станет, возглавлявший раскопки учёный археолог, доктор искусствоведения, член-корр. РААСН, главный научный сотрудник НИИ ТИАГ, Алексей Маратович Салимов. Планируется создание здесь историко-музейного комплекса. Проектировочные работы уже начались.
24 октября 2020 года митрополитом Тверским и Кашинским Амвросием был освящен новый поклонный крест на месте стоявшего здесь в течении 16-ти лет креста. Как оказалось старый крест, поставленный тут на месте разрушенного собора стоял чуть южнее южной его стены, но от времени от обветшал и упал от сильного урагана осени 2019 года. Новый крест поставлен здесь в память о явлении Креста Господня на небе свтому Савватию в XV веке.
10 декабря 2020 года Православный приход Знаменской церкви деревни Савватьево отметил своё 17-тилетие.
